一府二縣時期
明永曆十五年（西元一六六一年）台灣設一府二縣，府日承天府，以赤嵌城為承天府，以楊朝棟為府尹，縣日天興、萬年，以莊文烈知天興縣事，祝敬知萬年縣事。 以新港溪以北主雞籠山後（今之基隆）均為之天興縣，縣治設於大目降（今之新化）與新港（今之新市）之間，另一說，設於佳興（今之佳里）。新港溪以南為萬年縣，縣治設於二贊村（今之仁德鄉二行村）。當時本縣本鄉地區均屬於天興縣。
一府二州三司時期
永曆十六年（即康熙元年，西元一六六二年）五月初八日，鄭成功歿，子鄭經繼立，於永曆十八年（西元一六六四年）八月改臺灣總稱之東都為東寧、天興、萬年兩縣改制為州，天興州三十四里，萬年二十里。增設北路、南路、澎湖島等二安撫司。 南北路程自赤崁城起，南路二．五二○里，南至鳳山琨橋地方，北路二、三一五里，北至諸羅（嘉義）、水沙連（林圯埔）、半線（彰化）、竹塑（新竹）、淡水（臺北）、雞籠（基隆）等地方。當時本縣與本鄉均屬天興州北路司，由於鄭氏施行軍旅屯田之制廣拓墾區，本縣所屬之斗六、斗南、北港、東勢一帶非為屯弁所墾，即為招佃開墾。 （以上資料摘自90年4月增版之丁萬復、林木榮著作“臺西風情”一書）